Настоятели обители
| Дата | Настоятель | |
| 1 | 1486—1533 | Преподобный Александр Свирский Основатель обители и первый игумен |
| 2 | Исаиа | |
| 3 | Никодим | |
| 4 | до 1545 | Иродион Автор жития преподобный Александра Свирского |
| 5 | Вениамин | |
| 6 | Афанасий | |
| 7 | до 1572 | Исидор |
| 8 | 1572—1582 | Иасаф |
| 9 | 1582—1608 | Дионисий |
| 10 | до 1613 | Паисий Литовское разорение |
| 11 | 1613—1618 | Феодорит Царь Михаил Феодорович восстанавливает жалованные монастырю грамоты |
| 12 | 1618—1656 | Аврамий Обретение мощей преподобного Александра Свирского |
| 13 | 1646—1649 | Александр |
| 14 | 1649—1660 | Савватий |
| 15 | 1660—1665 | Симон |
| 16 | 1665—1666 | Иосиф |
| 17 | 1666—1673 | Макарий |
Архимандриты
| Дата | Архимандрит | |
| 1 | 1673—1693 | Гермоген Особо потрудился для обустройства обители. При нём монастырь достиг такой степени внутреннего благоустройства и внешнего величия, какой впоследствии уже никогда не достигал |
| 2 | 1699—1702 | Лаврентий Отменены монастырские имущественные привилегии |
| 3 | 1702—1705 | Кирилл I Основание Олонецкой верфи (Лодейное Поле) |
| 4 | 1705—1708 | Исаия Монастырь приходит в упадок, вынужден помогать строительству Олонецкой верфи, Новгороду, Санкт-Петербурга |
| 5 | 1708—1715 | Феодосий |
| 6 | 1715—1717 | Илларион Роспись Троицкого собора |
| 7 | 1717—1719 | Александр Колесован |
| 8 | 1719—1732 | Кирилл II |
| 9 | 1732—1738 | Виссарион |
| 10 | 1738—1740 | Ефрем |
| 11 | 1740—1742 | Венедикт |
| 12 | 1742—1748 | Серафим Наместник Иннокентий – до 1752 |
| 13 | 1752—1759 | Андроник |
| 14 | 1759—1763 | Пахомий |
| 15 | 1763 | Варсонофий |
| 16 | 1733—1775 | Александр II Согласно штатам Свирский монастырь был зачислен штатным второклассным. Троицкий монастырь стал Архиерейским домом |
| 17 | до 1780 | Иринарх Учреждение Духовной семинарии в Троицком монастыре |
| 18 | 1780—1790 | ВарлаамОлонецкое викариатство закрыто |
| 19 | 1790—1800 | Парфений I (Позже епископ Архангельский). Построена каменная часовня над колодцем, вырытым преподобным Александром Свирским. |
| 20 | 1800—1816 | Иосиф Расстановлено общежительство, утраченное в 1764. Учреждение духовного училища. |
| 21 | 1816—1819 | Товия Установлено перенесение мощей |
| 22 | 1819—1820 | Парфений II Посещение Александра II |
| 23 | 1820—1827 | Макарий В Петрозаводске учреждена самостоятельная епископская кафедра. |
| 24 | 1827—1853 | Варсонофий |
| 25 | 1853—1855 | Иезекиль |
| 26 | 1855—1869 | Павел Возобновление монастырских построек |
| 27 | 1869—1870 | Антоний |
| 28 | 1870—1872 | Даниил |
Епископы
| Дата | Епископы | |
| 1 | до 1878 | Преосвященный Олонецкий Ионафан |
| 2 | 1878—1882 | Преосвященный Олонецкий Палладий |
| 3 | 1832—1890 | Преосвященный Олонецкий Павел |